シングルサインオンをするために下記のサイトを参考にPythonスクリプトの作成およびlogin.htmlの差し替えを行っています。
http://wiki.splunk.com/Deploy:Integration_with_SSO
6.1のときは正常に動作していたのですが、6.2にバージョンアップしてから差し替えたlogin.htmlではなく標準のログイン画面が表示されてしまいます。
参考にしたサイトのサンプルと同じように、HTTPヘッダから必要な情報を取得する必要があるため、login.htmlの差し替えは必須と思っています。
6.2以降でlogin.htmlをカスタマイズすることはできないのでしょうか?
login.htmlをカスタマイズすることは本来の目的ではなく、認証スクリプトに対してHTTPヘッダの情報を渡して認証ができれば良いです。
SSOでしたら、正式
https://docs.splunk.com/Documentation/Splunk/6.5.1/Security/WhatyoucansecurewithSplunk
で説明、解説がありますので、これらの方式での実装をお勧めします。